Depuis l’indépendance en 1960, toutes les lois fondamentales ont prévu au sein de la Cour suprême une chambre des comptes chargée du contrôle des finances publiques.

Cependant, cette chambre n’a été effectivement opérationnelle qu’à partir de 1990, avec l’adoption de la loi n° 90-010 du 13 juin 1990, déterminant la composition, l’organisation, les attributions et le fonctionnement de la Cour suprême, modifiée par l’ordonnance n° 93-09 du 22 février 1993.

La loi n° 2000-010 du 14 août 2000 sur la Cour suprême procède à une réorganisation significative de la chambre des comptes en déterminant ses attributions et sa composition.
La loi n° 2007-022 du 2 juillet 2007 a érigé la chambre des comptes en Cour des comptes, mais cette dernière n’a pu être installée qu’en 2010.

En effet, la Cour des comptes a été créée par l’ordonnance n° 2010-05 du 30 mars 2010 modifiant l’ordonnance n° 2010-01 du 22 février 2010 portant organisation des pouvoirs publics pendant la période de transition et installée en audience solennelle le 18 mai 2010.

La Constitution du 25 novembre 2010 a érigé la Cour des comptes en institution de la République et l’a consacrée comme la plus haute juridiction de contrôle des Finances Publiques et a prévu qu’une loi organique déterminera ses attributions, sa composition, son organisation et son fonctionnement.
En application de cette disposition, la loi organique n° 2012-08 du 26 mars 2012 a été adoptée.